Indus-kulttuurin uskontoakaan ei tunneta. Tutkijat uskovat sen olleen samankaltainesamankaltainen kuin myöhemmän Intian uskonnot. Näitähän ovat mm. brahmalaisuus ja hindulaisuus. Oli monta jumalaa. Ei tiedetä, olikoEhkä monta uskontoa ja/tai lahkoa myöhemmän Intian tapaan. Uhrimenot olivat tärkeitä: uhrattiin viljaa, eläimiä ja ihmisiäkin.
Tulta palvottiin alttarilla. ja veteenVeteen kastauduttiin seremoniallisesti mm Mohenjo-Daron suuressa kylpylässä. Uhritoimituksia pidettiin mm. viikunapuun alla. Ehkä uhrattiin kaloja pyhille puille. On löydetty sekä äitijumalattaren, sarvipäisen mietiskelijän ja tanssivan jumalan kuvia joko patsaina tai sineteissä. Niitä on epäilty nyky-hindulaisten Sivan ja äitijumalattarien esikuviksi. Tunnus Om esiintyy Indus-teksteissä, samoin kuin aurinkopyörä. Lothalin satamakaupungissa palvottiin tulijumalaa ja merenjumalatarta. Eri jumalat vastasivat eläimiä: niiden ajateltiin joko ratsastavan eläimellä, tai kulkevan hevosen vetämissä vaunuissa näiden perässä. Tuukeri oli sodan jumalattaren ratsu. Härkä oli elämän säilymisen, vesipuhveli taas oli kuoleman jumalan ratsu. Luultavasti
nymfit, nuoret hieman enkeliä muistuttavat naishahmot olivat uskonnossa tärkeitä. Ennustaminen mm. tähdistä ennustaminenkin oli melko varmasti tärkeä.
