Paketinhallinta komentoriviltä on suhteellisen helppoa ja mahdollisuuksia on enemmän kuin graafisella puolella. Komentorivipohjaisen paketinhallinnan opettelu ei ole muutenkaan turhaa, sillä se antaa edellytykset mm. koneen helppoon etäkäyttöön ja riippumattomuuteen tietyn paketinhallinnan graafisesta käyttöliittymästä.
Ohjelmapakettien hallintaan käytetään <tt>apt-get</tt>, <tt>aptitude</tt> ja <tt>dpkg</tt>-komentoriviohjelma. Niihin ei tarkemmin perehdytä tässä ohjeessa, mutta lisätietoja löytyy seuraavista artikkeleista
*[http://linux.fi/index.php/Apt Apt-get] Työkalu pakettien hallintaan kuten asentamiseen ja poistamiseen
